A falta de rotação de cultivos diminui a diversidade de organismos do solo e seleciona populações de fitopatógenos, sejam nematoides, fungos ou bactérias. Seguidamente, produtores relatam o aumento da incidência de doenças de solo em áreas com longo histórico de cultivo de hortaliças, o que é resultado da diminuição da diversidade de organismos do solo e a seleção de populações deletérias às plantas.